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Vers la fin des années 1930, deux personnalités du Muséum national d'Histoire naturelle, le Professeur René Abrard et l'Assistant Robert Soyer ont pensé à créer une association d'amateurs, intéressés par la Géologie, qui pourraient suivre des cours de Géologie et effectuer des sorties. Ils reprenaient une tradition ancienne du Muséum, puisque des cours et des sorties de Géologie avaient été proposés aux Parisiens dès les années 1870 par Stanislas Meunier, Professeur titulaire de la chaire de Géologie du Muséum, puis repris par son successeur Paul Lemoine en 1921. Ces manifestations étaient populaires, mais suivies par des "non initiés", d'où l'idée de créer une "association compétente" regroupant des "amateurs" ayant une meilleure connaissance de la Géologie.
La SAGA a été créée en janvier 1939 par neuf géologues, mais sa naissance n'est déclarée au Journal Officiel qu'en juin 1945. Le but de l'Association, énoncé dans la déclaration, est resté très actuel : "la diffusion de la science géologique, l'organisation de conférences et d'excursions géologiques". Le compte rendu de la première sortie SAGA, effectuée en avril 1939 à la carrière Lambert de Cormeilles-en-Parisis est donné dans le premier bulletin daté de 1940.
Les premières années de la vie de l'Association ont évidemment été fortement marquées par la Seconde Guerre Mondiale : le bulletin ne paraissait pas et les excursions ont été interrompues pendant plusieurs années. Rétrospectivement, on est tout de même frappé de voir la rapidité à laquelle la SAGA s'est développée pendant les années de l'immédiate après-guerre : des professeurs du Muséum donnaient des conférences, une dizaine de sorties étaient organisées chaque année dès 1947, des dons avaient fourni un premier fonds à la bibliothèque, le nombre d'adhérents était passé de 9 en 1939 à 54 en 1946.
Des années 1950 à 1980, la SAGA a essentiellement exploré le Bassin parisien, tant sur le plan géologique que paléontologique. A cette époque, les possibilités d'observation étaient nombreuses et les récoltes de fossiles fructueuses. Cette période a été notamment marquée par la personnalité de Paul Grenier qui a été Président pendant plus de 20 ans.
En 1979, la disparition brutale de Paul Grenier et son remplacement par Pierre Para a fait évoluer l'Association qui a pris peu à peu la configuration qu'on lui connaît actuellement :
Pour conclure ces 80 ans d'histoire, on peut dire que la finalité de la SAGA reste celle des fondateurs mais il faut se rendre à l'évidence : on ne peut pas aimer la nature aujourd'hui comme on l'aimait il y a 80 ans. Dans certains domaines, nos moyens sont considérables par rapport à ceux de nos aïeux, mais dans d'autres, nous sommes beaucoup plus limités et devons tenir compte de contraintes et d'interdictions qu'ils ne connaissaient pas. A la SAGA de s'adapter si elle veut poursuivre son histoire.